Kigali là một thành phố cấp tỉnh, một trong năm tỉnh của Rwanda. Khu vực thuộc thẩm quyền của thành phố đã được mở rộng nhiều lần kể từ khi Rwanda giành độc lập,[53] các ranh giới hiện tại được thiết lập thông qua luật năm 2005 như là một phần của tái cấu trúc chính quyền địa phương. Luật này đã trao cho chính quyền thành phố trách nhiệm lập kế hoạch chiến lược và phát triển đô thị, cũng như liên lạc với ba huyện cấu thành và giám sát các kế hoạch phát triển của huyện.[54] Giống như các tỉnh khác, Kigali được chia thành các huyện, Gas Gasabo, Kicukiro và Nyarugenge, lần lượt được chia thành 35 khu vực.[39]

Từ tháng 1 năm 2020, một hệ thống hành chính mới cho Kigali đã được áp dụng, sau khi một đạo luật được quốc hội thông qua vào năm trước đó. Theo hệ thống trước đó, có hiệu lực từ năm 2002, quyền lực đã được phân bổ đáng kể cho các quận do thị trưởng của họ lãnh đạo, quản lý cơ sở hạ tầng và đánh thuế, khoảng 30% trong số đó được chuyển cho chính quyền toàn thành phố.[55] Những thay đổi, được thực hiện với mục tiêu giảm quan liêu và kém hiệu quả, đã mang lại cho hội đồng thành phố quyền lực lớn hơn nhiều bao gồm kiểm soát ngân sách.[56] Các huyện không còn là các thực thể pháp lý riêng biệt, thị trưởng của họ được thay thế bởi các quản trị viên điều hành huyện được chỉ định bởi chính phủ quốc gia.[57]

Hội đồng thành phố bao gồm mười một thành viên, giảm từ 33 trong hệ thống cũ. Sáu trong số các thành viên hội đồng được bầu trực tiếp bởi công chúng, mỗi huyện bầu một nam và một nữ. Năm thành viên còn lại được chỉ định bởi Tổng thống Rwanda, theo sự chấp thuận của nội các. Mỗi thành viên hội đồng phục vụ cho một nhiệm kỳ năm năm.[58] Cơ quan hành pháp của chính quyền thành phố do thị trưởng đứng đầu, người được bầu thông qua một hệ thống bầu cử phức tạp, với việc bỏ phiếu bầu cử cho các đại biểu ở cấp làng xã, người tiếp tục bầu các đại biểu khác qua từng cấp chính quyền hệ thống cấp bậc. Thị trưởng và hai phó thị trưởng thành lập ủy ban điều hành, báo cáo với hội đồng và thực hiện các quyết định của mình.[59] Vào năm 2020, thị trưởng đương nhiệm là Pudence Rubingisa. Các thị trưởng đáng chú ý trong quá khứ bao gồm Francois Karera, người giữ chức vụ từ năm 1975 đến 1990 dưới thời tổng thống Juvénal Habyarimana, và Rose Kabuye, người đã chiến đấu với RPF trong cuộc Nội chiến Rwanda và là thị trưởng hậu diệt chủng đầu tiên từ năm 1994 đến 1997. Ngân sách hàng ngày và quản lý nhân viên là trách nhiệm của một người quản lý thành phố,[60] được bổ nhiệm bởi thủ tướng.